北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部（簡稱北醫(yī)）位于學(xué)府林立的首都北京海淀區(qū)學(xué)院路，其前身是國立北京醫(yī)學(xué)專門學(xué)校，創(chuàng)建于1912年10月26日，是中國政府教育部依靠中國自己的力量開辦的第一所專門傳授西方醫(yī)學(xué)的國立學(xué)校。

　　1903年，清朝政府在京師大學(xué)堂設(shè)立醫(yī)學(xué)實(shí)業(yè)館，1904年，醫(yī)學(xué)實(shí)業(yè)館改稱醫(yī)學(xué)館，遷入和平門外八角琉璃井由興勝寺廟宇改建的館舍，1907年停辦。1910年，此館舍被施醫(yī)總局（當(dāng)時(shí)的衛(wèi)生部門）買去，為日后創(chuàng)立國立北京醫(yī)學(xué)專門學(xué)校提供了條件。

    1911年，辛亥革命一舉推翻了清王朝，建立了中華民國，在當(dāng)時(shí)向西方學(xué)習(xí)的風(fēng)潮下，西醫(yī)在中國的地位，有了明顯的變化。1912年9月，中華民國教育部電召從日本留學(xué)歸來正在籌建浙江省立醫(yī)學(xué)專門學(xué)校的杭州人湯爾和到京，籌劃創(chuàng)立醫(yī)學(xué)校事宜。教育部以價(jià)銀10，000兩購買了已經(jīng)停辦的醫(yī)學(xué)館館舍，劃撥給國立北京醫(yī)學(xué)專門學(xué)校使用，10月16日，中華民國教育部任命組織學(xué)教授湯爾和先生為北京醫(yī)學(xué)專門學(xué)校校長，至此，中國第一所國立西醫(yī)學(xué)校正式誕生。當(dāng)時(shí)教職工9人，首批學(xué)生72人。在此后的年代里，中國社會動蕩不安，學(xué)校發(fā)展極盡艱辛。到了二十世紀(jì)三、四十年代，學(xué)校一度名為北平大學(xué)醫(yī)學(xué)院，曾并入北京大學(xué)。

    1946年7月，北京大學(xué)在北平復(fù)員，胡適任校長。在抗日戰(zhàn)爭時(shí)期，艱難發(fā)展的當(dāng)時(shí)為北平臨時(shí)大學(xué)補(bǔ)習(xí)班第六分班連同附屬醫(yī)院一同并入北京大學(xué)，成為北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院。院長先后為解剖學(xué)教授馬文昭先生、生理學(xué)教授沈鈞淇先生和皮膚科學(xué)教授胡傳揆先生。胡傳揆教授任醫(yī)學(xué)院院長同時(shí)，還任醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院（亦稱北大醫(yī)院）院長。從此，學(xué)校作為北京大學(xué)的一部分，開始了新的歷程。

    1952年，全國教育院系調(diào)整，北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院脫離北京大學(xué)，獨(dú)立建院名為北京醫(yī)學(xué)院，院長為胡傳揆教授。直屬中央衛(wèi)生部領(lǐng)導(dǎo)，辦學(xué)經(jīng)費(fèi)由中央財(cái)政部轉(zhuǎn)中央衛(wèi)生部撥付。北醫(yī)校址遷至今日的海淀區(qū)學(xué)院路38號，由此，醫(yī)學(xué)院開始了較大的發(fā)展。

　　1959年被國家確定為全國十六所重點(diǎn)院校之一。 1984經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，在全國重點(diǎn)建設(shè)10所大學(xué)，北京醫(yī)學(xué)院是唯一的一所醫(yī)科學(xué)校，院長為醫(yī)學(xué)教育專家馬旭研究員。

　　1985年更名為北京醫(yī)科大學(xué)，運(yùn)動醫(yī)學(xué)專家曲綿域教授任校長。

　　進(jìn)入九十年代中期，中國政府確立了教育發(fā)展改革綱要，明確提出“211工程”，即重點(diǎn)建設(shè)若干所大學(xué)，使之接近或達(dá)到或超過世界一流水平。1996年8月28日，北京醫(yī)科大學(xué)正式通過了國家首批“211工程”建設(shè)項(xiàng)目的論證，再次成為中國政府重點(diǎn)支持的醫(yī)科大學(xué)。從1991年至2000年4月，校長為血液病學(xué)專家王德炳教授。