創(chuàng)建于19、20世紀(jì)之交的圣約翰大學(xué)醫(yī)學(xué)院、震旦大學(xué)醫(yī)學(xué)院和同德醫(yī)學(xué)院三座古老的醫(yī)學(xué)殿堂于1952年合并成立了上海第二醫(yī)學(xué)院，1985年改名上海第二醫(yī)科大學(xué)。2005年7月與上海交通大學(xué)合并，成立了上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院。

    在100多年的辦學(xué)歷史和50多年的建校歷史中，醫(yī)學(xué)院堅持發(fā)揚“海納百川、博采眾長”的優(yōu)良傳統(tǒng)；大力弘揚“博極醫(yī)源、精勤不倦”的醫(yī)學(xué)院精神，逐漸形成了富有自身特點的辦學(xué)風(fēng)格和特色。

    學(xué)院現(xiàn)有教職醫(yī)護員工13000余人，其中具有高級職稱的在職人員1394名；中國科學(xué)院院士1人，中國工程院院士10人，國家“973”項目首席科學(xué)家4人等一批在國內(nèi)外有一定影響的學(xué)者。

    學(xué)院有基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院、臨床醫(yī)學(xué)院、口腔醫(yī)學(xué)院、護理學(xué)院等18個二級學(xué)院（系），7所綜合性附屬醫(yī)院和3所專科性附屬醫(yī)院，15所教學(xué)醫(yī)院或中心。有臨床醫(yī)學(xué)八年制和口腔醫(yī)學(xué)七年制兩個長學(xué)制專業(yè)，有臨床醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、醫(yī)學(xué)檢驗、護理學(xué)、生物醫(yī)學(xué)工程、公共事業(yè)管理、營養(yǎng)學(xué)、市場營銷、藥學(xué)等9個本科專業(yè)。有博士后流動站4個，一級學(xué)科博士點5個，二級學(xué)科博士點51個，二級學(xué)科碩士點48個。在校本科以上學(xué)生6275名，其中研究生近50％。

    學(xué)院現(xiàn)有國家教育部重點學(xué)科6個，上海市重點學(xué)科11個（其中“重中之重學(xué)科2個），上海市教委重點學(xué)科23個，上海市醫(yī)學(xué)重點學(xué)科9個，上海市臨床中心15個。有國家重點實驗室2個，教育部重點實驗室2個，衛(wèi)生部重點實驗室5個，上海市重點實驗室13個，世界衛(wèi)生組織（WHO）合作中心3個，上海市級研究所21個。10個學(xué)科列入”211工程“重點建設(shè)。

    目前，學(xué)院與美國、法國、日本、比利時、澳大利亞、瑞典、香港等19個國家或地區(qū)的61所大學(xué)及科研機構(gòu)開展了廣泛的合作和交流；聘請了256位外國專家為名譽教授、顧問教授和客座教授；與世界衛(wèi)生組織、聯(lián)合國人口基金會、美國民間健康基金會等建立了廣泛的友好合作關(guān)系。

    學(xué)院地處上海市中心繁華地區(qū)。原震旦大學(xué)的法式建筑鑲嵌在園林式的綠色叢中。為適應(yīng)醫(yī)學(xué)教學(xué)的發(fā)展，四百畝閔行的醫(yī)學(xué)院新校區(qū)正在規(guī)劃中。